El fondo está regido por una Asamblea General de Asociados. que se reúne anualmente dentro de los plazos estipulados por Ley, y elige la Junta Directiva y el Comité de Control Social cada dos años. Estos dos órganos directivos están compuestos por unos miembros principales con sus respectivos suplentes. La Junta Directiva está integrada por cinco (5) miembros principales y cinco (5) suplentes elegidos por la Asamblea General para periodos de tres (3) años.
Comité de evaluación de cartera créditos
Este comité es el responsable de evaluar permanentemente el riesgo de la cartera de créditos de acuerdo a los criterios establecidos por la Ley. además de evaluar las solicitud de créditos de los asociados y vigilar que estos se estén aprobando de acuerdo con las políticas de crédito establecidas en los reglamentos de crédito.
Comité de solidaridad
Se encarga de evaluar las diferentes calamidades familiares producidas por hechos naturales o especiales, que permitan el reconocimiento de un auxilio de solidaridad, por parte de la Junta Directiva del Fondo de Empleados.
Comité de fondo de riesgo de liquidez
El objetivo primordial de este comité es el de apoyar a la Junta Directiva y a la Gerencia proporcionando a estos estudios y pronósticos sobre el comportamiento sobre las principales variables económicas y monetarias dar las recomendaciones sobre el caso y preparar los informes respectivos para la Supersolidaria.
Comité de control social
El Comité de Control Social es un Órgano de vigilancia interno, integrado por asociados hábiles elegidos por la Asamblea General, cuyas funciones están enmarcadas y hacen referencia al control de resultados sociales, al de los procedimientos para el logro de dichos resultado, así como a los derechos y obligaciones de los asociados. El Comité de Control Social esta integrado por tres (3) miembros principales y tres (3) suplentes elegidos por la Asamblea General para periodos de tres (3) años.